Метаболомный анализ биологических образцов является актуальным направлением развития методов диагностики хронической болезни почек (ХБП) у детей. Наиболее часто в метаболомике применяется метод гидрофильной хроматографии с масс-спектрометрическим детектированием (ГИХ-МС/МС), распространенной проблемой при использовании которого является матричный эффект. В рамках исследования была проведена оценка матричного эффекта (МЭ), возникающего при проведении анализа 9 низкомолекулярных полярных маркерных метаболитов ХБП в условиях гидрофильной хроматографии в образцах новой модельной мочи и реального образца. В качестве определяемых 9 биомаркеров были выбраны аминокислоты, их полярные метаболиты, участвующие в патофизиологических процессах развития хронической болезни почек. Оценка матричного эффекта на первом квадруполе проводилась методом расчета отношения параметров коэлюирования низкомолекулярных кластеров, состоящих из формиат-анионов буфера и катионов солей, входящих в состав мочи, и стандарта Л-валина-13C5. В реальной моче интенсивность сигнала стандарта Л-валина-13C5 снижалась более чем на 50% относительно метанола при наложении сигнала кластера, тогда как в искусственной моче эффект подавления был сравним с реальным образцом во всех условиях элюирования. Также был применен метод добавок для оценки МЭ не меченных изотопами эндогенных маркеров в реальной и искусственной матрицах. Показано, что предварительная оценка тушения сигнала может быть изучена на модельной моче нового состава. Полученные результаты демонстрируют важность оценки оптимального разрешения сигнала не только маркерных соединений, но и неорганических кластеров, что может существенно снизить погрешности анализа в условиях реальной матрицы. Оценка этого эффекта должна повысить точность анализа полярных метаболитов в реальных образцах в метаболомике ХБП. Примененные образцы искусственной мочи показали сопоставимый МЭ с реальным образцом, что подтверждает ее перспективность для оптимизации условий анализа методом ГИХ-МС/МС.