<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">scbmt</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">БИОМЕДИЦИНА</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Journal Biomed</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2074-5982</issn><issn pub-type="epub">2713-0428</issn><publisher><publisher-name>Scientific center of biomedical technologies of Federal Medical and Biological Agency</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">scbmt-322</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>НОВЫЕ БИОМЕДИЦИНСКИЕ ТЕХНОЛОГИИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>NEW BIOMEDICAL TECHNOLOGIES</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Поиск синтетических антикоагулянтов - ингибиторов сериновых протеаз: сочетание in silico и in vitro методов</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Development of synthetic anticoagulants - inhibitors of serine proteases: combining in silico and in vitro aproaches</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Баранова</surname><given-names>Н. И.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Baranova</surname><given-names>N. I.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Алексеева</surname><given-names>П. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Alekseeva</surname><given-names>P. A.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чистяков</surname><given-names>К. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chistyakov</surname><given-names>K. S.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Юсковец</surname><given-names>В. Н.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Yuskovets</surname><given-names>V. N.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Оковитый</surname><given-names>С. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Okovityi</surname><given-names>S. V.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Бурякина</surname><given-names>А. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Buryakina</surname><given-names>A. V.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Федорова</surname><given-names>Е. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Fedorova</surname><given-names>E. V.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">elena.fedorova@pharminnotech.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff xml:lang="ru" id="aff-1"><institution>ГБОУ ВПО Санкт-Петербургская химико-фармацевтическая академия, Санкт-Петербург</institution><country>Russian Federation</country></aff><pub-date pub-type="collection"><year>2014</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>20</day><month>01</month><year>2020</year></pub-date><volume>1</volume><issue>2</issue><fpage>17</fpage><lpage>24</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Баранова Н.И., Алексеева П.А., Чистяков К.С., Юсковец В.Н., Оковитый С.В., Бурякина А.В., Федорова Е.В., 2020</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Баранова Н.И., Алексеева П.А., Чистяков К.С., Юсковец В.Н., Оковитый С.В., Бурякина А.В., Федорова Е.В.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Baranova N.I., Alekseeva P.A., Chistyakov K.S., Yuskovets V.N., Okovityi S.V., Buryakina A.V., Fedorova E.V.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://journal.scbmt.ru/jour/article/view/322">https://journal.scbmt.ru/jour/article/view/322</self-uri><abstract><p>Применение комбинированного под- хода, основанного на сочетании in silico и in vitro методов при поиске потенци- альных ингибиторов сериновых протеаз. Введение Сердечно-сосудистые заболевания и их осложнения занимают первое ме- сто в мире среди причин смерти лю- дей. Одним из основных компонентов схем лечения ишемической болезни сердца, острого коронарного синдро- ма, тромбозов при травмах, транс- плантации, крупных хирургических вмешательствах является антикоагу- лянтная терапия. Среди мишеней для действия по- тенциальных антикоагулянтов одними из наиболее перспективных являются сериновые протеазы системы сверты- вания крови. В клинической практике широко применяются пероральные ин- гибиторы Xa фактора (ривароксабан, апиксабан) и IIа фактора (дабигатрана этексилат). Интерес также представ- ляет поиск новых антикоагулянтов в ряду ингибиторов таких сериновых протеаз, как фактор VIIa, IXa, XIa, XIIa, калликреин. Сочетание in silico и in vitro мето- дов на ранних этапах скрининга ак- тивных молекул значительно повы- шает результативность поиска новых лекарственных средств. [<xref ref-type="bibr" rid="cit1">1</xref>]. Посколь- ку методы прогнозирования требуют подтверждения их достоверности с по- мощью исследования на биообъектах, например, с помощью высокопроизво- В работе представлен модельный подход, основанный на интеграции расчётной теории (in silico- экспериментов) и экспериментов, поставленных in vitro к поиску, оптимизации и созданию новых молекул, обладающих сродством к семейству сериновых протеаз. Авторы выражают признательность компании Novartis AG за помощь в проведении эксперимен- тов in vitro в рамках программы «Novartis in-kind collaborations», а также персональную благодар- ность их научным сотрудникам-биологам Ulrich Hassiepen и Gabriela Monnet.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>The aim of this study was to presents a model-based approach based on the integration of computational theory (in silico-experiments) and experiments performed (in vitro) to search, optimization and development of new anticoagulants molecules with affinity to the family of serine proteases. The authors gratefully acknowledges to Novartis AG for assistance in the in vitro experiments in the framework of the program “Novartis in-kind collaborations”, as well as the personal gratitude for their researchers and biologists Ulrich Hassiepen and Gabriela Monnet.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>количественные соотношения структура-активность (QSAR)</kwd><kwd>молекулярный докинг</kwd><kwd>ингибиторы сериновых протеаз</kwd><kwd>каскад свертывания</kwd><kwd>высокопроизводительный скрининг</kwd><kwd>quantitative structure-activity relationship</kwd><kwd>molecular docking</kwd><kwd>serine protease inhibitors</kwd><kwd>in silico and in vitro experiments</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефи- ров Н.С. Молекулярное моделиро- вание рецепторов физиологически активных веществ для целей ме- дицинской химии // Успехи химии. 2009. Т. 78. № 6. C. 539-557.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефи- ров Н.С. Молекулярное моделиро- вание рецепторов физиологически активных веществ для целей ме- дицинской химии // Успехи химии. 2009. Т. 78. № 6. C. 539-557.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Хёльтье Х.Д., Зиппль В., Ро- ньян Д., Фолькерс Г. Молеку- лярное моделирование (теория и практика) / Под редакцией В.А. Палюлина и Е.В. Радченко.- М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2010. 318 с.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Хёльтье Х.Д., Зиппль В., Ро- ньян Д., Фолькерс Г. Молеку- лярное моделирование (теория и практика) / Под редакцией В.А. Палюлина и Е.В. Радченко.- М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2010. 318 с.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lipinski, F. Lombardo, B.W. Dominy, P.J. Feeney Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings /C.A. Lipinski et al.// Advanced Drug Delivery Reviews.-2001. Vol.46. №1-3. P. 3-26.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lipinski, F. Lombardo, B.W. Dominy, P.J. Feeney Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings /C.A. Lipinski et al.// Advanced Drug Delivery Reviews.-2001. Vol.46. №1-3. P. 3-26.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Авенирова Е.Л., Алексеева П.А., Баранова Н.И., Басс М.С., Буряки- на А.В., Питухина Н.Н., Федорова Е.В. Молекулярные аспекты со- здания лекарственных препаратов: использование методов компьютер- ного моделирования с целью созда- ния нового противоишемического средства // Биомедицина. 2014. №1. С.4-10.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Авенирова Е.Л., Алексеева П.А., Баранова Н.И., Басс М.С., Буряки- на А.В., Питухина Н.Н., Федорова Е.В. Молекулярные аспекты со- здания лекарственных препаратов: использование методов компьютер- ного моделирования с целью созда- ния нового противоишемического средства // Биомедицина. 2014. №1. С.4-10.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lagunin A., Zakharov А., Filimonov D., Poroikov V. QSAR Modellingof rat acute toxicity on the basis of PASS prediction // Mol. Informatics. 2011. Vol.30, №2-3. P. 241-250.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lagunin A., Zakharov А., Filimonov D., Poroikov V. QSAR Modellingof rat acute toxicity on the basis of PASS prediction // Mol. Informatics. 2011. Vol.30, №2-3. P. 241-250.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
