Моделирование взаимодействия тиозонида и атфазы M. tuberculosis методом молекулярного докинга
https://doi.org/10.33647/2713-0428-17-3E-170-175
Аннотация
Изучали механизм взаимодействия нового противотуберкулёзного препарата тиозонид с вероятной мишенью организма M. tuberculosis. Согласно полученным поисковым данным, наиболее вероятной мишенью с карманом связывания тиозонида являются субъединица бактериальной АТФ-синтазы — фермента, играющего ключевую роль в процессах энергообмена клетки, осуществляя сопряжение реакции синтеза/гидролиза АТФ с трансмембранным переносом протонов. Были построены оригинальные модели трёх субъединиц этого энзима (альфа, дельта и эпсилон). Для моделирования докинга in silico использована программа AutoDock версии 4.2, которая включена в состав комплекса MGL Tools версии 1.5.6. Показано, что все три субъединицы имеют кластеры с минимальными энергиями связывания для молекулы тиозонида, причём у субъединицы эпсилон два кластера с равными вероятностями быть сайтом связывания тиозонида.
Об авторах
Б. В. Шилов
ФГАОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» Минздрава России
Россия
Россия
к.м.н., доц.,
117997, Москва, ул. Островитянова, 1
А. С. Смирнов
ФГАОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» Минздрава России
Россия
Россия
117997, Москва, ул. Островитянова, 1
А. Ю. Савченко
ФГБУН «Научный центр биомедицинских технологий ФМБА России»
Россия
Россия
143442, Московская обл., Красногорский р-н, п. Светлые горы, 1
Список литературы
1. Бочарова И.В., Буренков М.С., Лепеха Л.Н., Смирнова Т.Г., Черноусова Л.Н., Демихова О.В. Доклинические исследования специфической активности нового противотуберкулёзного препарата тиозонид. Туберкулёз и болезни лёгких. 2014;6:46– 50. DOI: 10.21292/2075-1230-2014-0-6-46-50.
2. Меньшикова Л.А. Фармакокинетическое исследование оригинального лекарственного средства тиозонида: Автореф. дис. ... канд. фарм. наук. М., 2016.
3. Шадрина М.С., Рогов А.В., Бравая К.Б., Немухин А.В. Молекулярный докинг производных гуанозиннуклеотидов в ГТФ-связывающие белки. Вестник Московского Университета. Сер. 2. Химия. 2005;46(6):363–369.
4. Diacon A.H., Pym A., Grobusch M., Patientia R., Rustomjee R., Page-Shipp L., Pistorius C., Krause R., Bogoshi M., Churchyard G., Venter A., Allen J., Palomino J.C., De Marez T., van Heeswijk R.P.G., Lounis N., Meyvisch P., Verbeeck J., Parys W., de Beule K., Andries K., Neeley D.F.M. The Diarylquinoline TMC207 for multidrug-resistant tuberculosis. N. Engl. J. Med. 2009;360(23):2397– 2405. DOI: 10.1056/NEJMoa0808427.
5. Esposito S., D’Ambrosio L., Tadolini M., Schaaf H.S., Caminero L.J., Marais B., Centis R., Dara M., Matteelli A., Blasi F., Migliori G.B. ERS/ WHO Tuberculosis Consilium assistance with extensively drug-resistant tuberculosis management in a child: Case study of compassionate delamanid use. Eur. Respiratory J. 2014;44:811–815. DOI: 10.1183/09031936.00060414.
6. Koul A., Dendouga N., Vergauwen K., Molenberghs B., Vranckx L., Willebrords R., Ristic Z., Lill H., Dorange I., Guillemont J., Bald D., Andries K. Diarylquinolines target subunit c of mycobacterial ATP synthase. Nat. Chem. Biol. 2007;3:323–324. DOI: 10.1038/nchembio884.
7. Klopper M., Warren R.M., Hayes C., Gey van Pittius N.C., Streicher E.M., Müller B., Sirgel F.A., Chabula-Nxiweni M., Hoosain E., Coetzee G., van Helden P.D., Victor T.C., Trollip A. Ph. Emergence and spread of extensively and totally drug-resistant tuberculosis, South Africa. Emerging Infectious Disease J. 2013;19:449. DOI: 10.3201//EID1903.120246.
8. Ndjeka N., Schnippel K., Master I., Meintjes G., Maartens G., Romero R., Padanilam X., Enwerem M., Chotoo S., Singh N., HughesJ., Variava E., Ferreira H., teRiele J., IsmailN., MohrE., BantubaniN., ConradieF. High treatment success rate for multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis using a bedaquiline-containing treatment regimen. Eur. Respir. J., 2018;52(6). DOI: 10.1183/13993003.01528-2018.
9. Prasad P.A., Kanagasabai V., Arunachalam J. Exploring conformational space using a mean field technique with MOLS sampling. University of Madras, Guindy Campus, Chennai, India. 2007.
10. Sassetti C.M., Boyd D.H., Rubin E.J. Genes required for mycobacterial growth defined by high density mutagenesis. Mol. Microbiol. 2003;48(1):77–84. DOI: 10.1046/j.1365-2958.2003.03425.x.
11. http://autodock.scripps.edu.
Рецензия
Для цитирования:
Шилов Б.В., Смирнов А.С., Савченко А.Ю. Моделирование взаимодействия тиозонида и атфазы M. tuberculosis методом молекулярного докинга. БИОМЕДИЦИНА. 2021;17(3E):170-175. https://doi.org/10.33647/2713-0428-17-3E-170-175
For citation:
Shilov B.V., Smirnov A.S., Savchenko A.Yu. Modeling the interaction of thiozonide and atphase M.tuberculosis by the method of molecular docking. Journal Biomed. 2021;17(3E):170-175. (In Russ.) https://doi.org/10.33647/2713-0428-17-3E-170-175
Просмотров:
368
Послать статью по эл. почте 
