Термодинамический спектр взаимодействия фуросемида с белковыми молекулами в водной среде
Аннотация
Проведен квантово-химический расчет термодинамики взаимодействия функциональных групп мо-
лекулы фуросемида с олигопептидами в водной среде. Полученный термодинамический спектр позволя-
ет оценить потенциальные возможности молекул, в частности молекулы фуросемида, в процессе ком-
плексообразования с белковым субстратом. Что позволяет оценить величину максимально возможно-
го аффинитета. Для фуросемида он оказался равен -39,5 кДж/моль при взаимодействии центров фуро-
семида с олигопептидами.
лекулы фуросемида с олигопептидами в водной среде. Полученный термодинамический спектр позволя-
ет оценить потенциальные возможности молекул, в частности молекулы фуросемида, в процессе ком-
плексообразования с белковым субстратом. Что позволяет оценить величину максимально возможно-
го аффинитета. Для фуросемида он оказался равен -39,5 кДж/моль при взаимодействии центров фуро-
семида с олигопептидами.
Об авторах
А. А. Бондарев
Алтайский государственный медицинский университет, Барнаул
Россия
Россия
И. В. Смирнов
Алтайский государственный медицинский университет, Барнаул
Россия
Россия
П. С. Постников
Национальный исследовательскй Томский политехнический университет, Томск
Россия
Россия
В. Д. Филимонов
Национальный исследовательскй Томский политехнический университет, Томск
Россия
Россия
В. В. Удут
Национальный исследовательскй Томский политехнический университет, Томск
Россия
Россия
В. Н. Каркищенко
Научный центр биомедицинских технологий РАМН, Московская область
Россия
Россия
Список литературы
1. Granovsky A. A. PC GAMESS / Firefly version 7.1.С, www http://classic. chem.msu.su/gran/gamess/index.html
2. Schmidt M.W., Baldridge K.K. et al. // J.Comput.Chem., 14, 1347-1363, 1993.
3. Бондарев А.А., Смирнов И.В., Удут В.В. Термодинамические основы фармакодинамики. Томск, 2005. - 92 с.
4. Каркищенко Н.Н. Альтернати- вы биомедицины в 2-х т. - М.: Изд-во ВПК, 2007.
5. Хельтье Х.Д., Зиппель В., Ро- ньян Д., Фолькерс Г. Молекулярное мо- делирование. Теория и практика. М.:, Би- ном, 2009. - 318 с.
6. Vedani A., Zbinden P., et al. Pseudoreceptor Modeling: The ConstructionofThree-Dimensional Receptor Surrogates // J. Am. Chem. SOC. 1995,117, 4987-4994.
7. Beachy M. D., Chasman D., Murphy R.B. et al. Accurate ab Initio QuantumChemicalDetermination of the Relative Energetics of Peptide Conformations and Assessment of Empirical Force Fields // J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908-5920.
8. Nakao K., Fujikawa M., Shimizu R., Akamatsu M. QSAR application for the prediction of compound permeability with in silico descriptors in practical use // J Comput Aided Mol Des, 2009, 23:309-319.
9. Zhang D.W., Zhang J.Z.H. Molecular fractionation with conjugate caps for full quantum mechanical calculation of protein-molecule interaction energy // J. Chem. Phys., 2003, Vol. 119, 3559-3605.
Рецензия
Для цитирования:
Бондарев А.А., Смирнов И.В., Постников П.С., Филимонов В.Д., Удут В.В., Каркищенко В.Н. Термодинамический спектр взаимодействия фуросемида с белковыми молекулами в водной среде. БИОМЕДИЦИНА. 2011;1(1):50-58.
Просмотров:
196
Послать статью по эл. почте 
