Термодинамический спектр взаимодействия фуросемида с белковыми молекулами в водной среде
Abstract
Проведен квантово-химический расчет термодинамики взаимодействия функциональных групп мо-
лекулы фуросемида с олигопептидами в водной среде. Полученный термодинамический спектр позволя-
ет оценить потенциальные возможности молекул, в частности молекулы фуросемида, в процессе ком-
плексообразования с белковым субстратом. Что позволяет оценить величину максимально возможно-
го аффинитета. Для фуросемида он оказался равен -39,5 кДж/моль при взаимодействии центров фуро-
семида с олигопептидами.
лекулы фуросемида с олигопептидами в водной среде. Полученный термодинамический спектр позволя-
ет оценить потенциальные возможности молекул, в частности молекулы фуросемида, в процессе ком-
плексообразования с белковым субстратом. Что позволяет оценить величину максимально возможно-
го аффинитета. Для фуросемида он оказался равен -39,5 кДж/моль при взаимодействии центров фуро-
семида с олигопептидами.
About the Authors
А. Бондарев
Алтайский государственный медицинский университет, Барнаул
Russian Federation
Russian Federation
И. Смирнов
Алтайский государственный медицинский университет, Барнаул
Russian Federation
Russian Federation
П. Постников
Национальный исследовательскй Томский политехнический университет, Томск
Russian Federation
Russian Federation
В. Филимонов
Национальный исследовательскй Томский политехнический университет, Томск
Russian Federation
Russian Federation
В. Удут
Национальный исследовательскй Томский политехнический университет, Томск
Russian Federation
Russian Federation
В. Каркищенко
Научный центр биомедицинских технологий РАМН, Московская область
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Granovsky A. A. PC GAMESS / Firefly version 7.1.С, www http://classic. chem.msu.su/gran/gamess/index.html
2. Schmidt M.W., Baldridge K.K. et al. // J.Comput.Chem., 14, 1347-1363, 1993.
3. Бондарев А.А., Смирнов И.В., Удут В.В. Термодинамические основы фармакодинамики. Томск, 2005. - 92 с.
4. Каркищенко Н.Н. Альтернати- вы биомедицины в 2-х т. - М.: Изд-во ВПК, 2007.
5. Хельтье Х.Д., Зиппель В., Ро- ньян Д., Фолькерс Г. Молекулярное мо- делирование. Теория и практика. М.:, Би- ном, 2009. - 318 с.
6. Vedani A., Zbinden P., et al. Pseudoreceptor Modeling: The ConstructionofThree-Dimensional Receptor Surrogates // J. Am. Chem. SOC. 1995,117, 4987-4994.
7. Beachy M. D., Chasman D., Murphy R.B. et al. Accurate ab Initio QuantumChemicalDetermination of the Relative Energetics of Peptide Conformations and Assessment of Empirical Force Fields // J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908-5920.
8. Nakao K., Fujikawa M., Shimizu R., Akamatsu M. QSAR application for the prediction of compound permeability with in silico descriptors in practical use // J Comput Aided Mol Des, 2009, 23:309-319.
9. Zhang D.W., Zhang J.Z.H. Molecular fractionation with conjugate caps for full quantum mechanical calculation of protein-molecule interaction energy // J. Chem. Phys., 2003, Vol. 119, 3559-3605.
Review
For citations:
, , , , , . Journal Biomed. 2011;1(1):50-58. (In Russ.)
Views:
195
Email this article 
