Development of synthetic anticoagulants - inhibitors of serine proteases: combining in silico and in vitro aproaches

The aim of this study was to presents a model-based approach based on the integration of computational theory (in silico-experiments) and experiments performed (in vitro) to search, optimization and development of new anticoagulants molecules with affinity to the family of serine proteases. The authors gratefully acknowledges to Novartis AG for assistance in the in vitro experiments in the framework of the program “Novartis in-kind collaborations”, as well as the personal gratitude for their researchers and biologists Ulrich Hassiepen and Gabriela Monnet.

количественные соотношения структура-активность (QSAR), молекулярный докинг, ингибиторы сериновых протеаз, каскад свертывания, высокопроизводительный скрининг, quantitative structure-activity relationship, molecular docking, serine protease inhibitors, in silico and in vitro experiments

1. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефи- ров Н.С. Молекулярное моделиро- вание рецепторов физиологически активных веществ для целей ме- дицинской химии // Успехи химии. 2009. Т. 78. № 6. C. 539-557.

2. Хёльтье Х.Д., Зиппль В., Ро- ньян Д., Фолькерс Г. Молеку- лярное моделирование (теория и практика) / Под редакцией В.А. Палюлина и Е.В. Радченко.- М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2010. 318 с.

3. Lipinski, F. Lombardo, B.W. Dominy, P.J. Feeney Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings /C.A. Lipinski et al.// Advanced Drug Delivery Reviews.-2001. Vol.46. №1-3. P. 3-26.

4. Авенирова Е.Л., Алексеева П.А., Баранова Н.И., Басс М.С., Буряки- на А.В., Питухина Н.Н., Федорова Е.В. Молекулярные аспекты со- здания лекарственных препаратов: использование методов компьютер- ного моделирования с целью созда- ния нового противоишемического средства // Биомедицина. 2014. №1. С.4-10.

5. Lagunin A., Zakharov А., Filimonov D., Poroikov V. QSAR Modellingof rat acute toxicity on the basis of PASS prediction // Mol. Informatics. 2011. Vol.30, №2-3. P. 241-250.